第二次世界大战爆发后，蒙哥马利率领第3师随同英国远征军横跨英吉利海峡，进入法国。1940年5月，德军闪击西欧时，他与法、比军队并肩作战，参加指挥敦刻尔克大撤退。回到英国后，英国宣传机构将这次大败退宣传为英军的伟大胜利，一些英国军人甚至在衣袖上写着敦刻尔克字样到处炫耀。蒙哥马利对此深感厌恶，作为一名军队指挥，蒙哥马利把此次撤退作为一种耻辱而非荣耀。此后他继续指挥第3师，并积极准备迎击德军的进攻。1940年蒙哥马利升任第5军军长，一年后改任第12军军长，同年12月又升任英格兰东南军区司令，负责选拔、调整、培养各级指挥官，严格训练部队，提高军事素质。蒙哥马利在他的回忆录中说，在这段时期担任的各种指挥职务，是他从阿拉曼到柏林这段漫长历程中取得成功的基础。
1942年8月15日，蒙哥马利在埃及出任英国第8集团军司令。刚一上任，蒙哥马利就对第8集团军进行了较大的调整。他首先任命德·甘冈为参谋长，赋予他处置具体事务的全权；此后又开始创建新的装甲军，使集团军下辖第10军、第13军和第30军。他还常常深入到部队，为战士们加油鼓劲。此外他还亲自去考察战场，分析战场形势。蒙哥马利认为，鉴于英军的训练状况并准备进攻阿拉曼，英军目前宜取守势，但不得撤退。因此，蒙哥马利命令英军装甲部队进入山地以西和阿拉曼主线上新西兰部队阵地之间的地区，固守阵地，不得擅自出击。8月31日夜晚，德军将领隆美尔终于发动对英军的进攻。蒙哥马利率领部队依照计划在所驻扎的地方进行坚守防御，在皇家空军轰炸了敌人的后方基地托布鲁克之后，隆美尔不得不下令撤退，英军没有乘势追击，9月7日战役结束。此次战役使蒙哥马利成为了第8集团军官兵所注意的“焦点人物”。