然而,任何活动的开展都有一定的利和弊,并不能做到完美无缺,心急如焚的胤禛为了尽快挽救财政亏空的现象,也犯过一些严重的过失。当时,胤禛的镇压措施非常严厉。他曾下过这样一道命令:不论具体情节,但凡抗官者都必须以反叛论处,斩杀不赦,决不轻饶。甚至于在拘捕这些官员时,有人“共在一处,虽非下手之人,在旁目观,即系同恶共济”,都被统统斩立决,场面极其惨烈。而对于民间那些秘密结社的人员,胤禛则施行了另一种方法,他嘱咐官吏们一定要“时时察访,弋获首恶,拔树寻根,永断瓜葛”。当时胤禛考察到苏州手工业工人居然要求增加工资,达不到他们所期望的工资时,他们便集体罢工叫歇,明着作对。对此,胤禛严加惩处,并立碑永禁叫歇,那些工人们也终于被制服了。
当时胤禛已是45岁的中年人了,不仅经历丰富、思想成熟,也具备了驾轻就熟、锐意革新的魄力。因此,他上台伊始,就立即加大了对亏空钱粮官员处分的力度。他一改其父玄烨纵容的态度,凡亏空钱粮者一律革职,毫不留情,并由本人负责归还,直到还清为止。后来,他又立即着手推行耗羡归公制度。康熙六十一年(1722年)十二月,胤禛对本年九月父亲玄烨在年羹尧、噶什图奏请火耗归公“断不可行”的批谕上作出修正,他认为:“皇考洞察其故,每将税务交地方管理,各省已居其半。嗣后税务悉交地方官监收,岁税之外所有羡余,该抚奏闻其解,应赏给者再行赏给,尔等会同户部工部议奏。”自此没过多久,耗羡归公制就在全国各省全面推行开来。