然而，任何活动的开展都有一定的利和弊，并不能做到完美无缺，心急如焚的胤禛为了尽快挽救财政亏空的现象，也犯过一些严重的过失。当时，胤禛的镇压措施非常严厉。他曾下过这样一道命令：不论具体情节，但凡抗官者都必须以反叛论处，斩杀不赦，决不轻饶。甚至于在拘捕这些官员时，有人“共在一处，虽非下手之人，在旁目观，即系同恶共济”，都被统统斩立决，场面极其惨烈。而对于民间那些秘密结社的人员，胤禛则施行了另一种方法，他嘱咐官吏们一定要“时时察访，弋获首恶，拔树寻根，永断瓜葛”。当时胤禛考察到苏州手工业工人居然要求增加工资，达不到他们所期望的工资时，他们便集体罢工叫歇，明着作对。对此，胤禛严加惩处，并立碑永禁叫歇，那些工人们也终于被制服了。
当时胤禛已是45岁的中年人了，不仅经历丰富、思想成熟，也具备了驾轻就熟、锐意革新的魄力。因此，他上台伊始，就立即加大了对亏空钱粮官员处分的力度。他一改其父玄烨纵容的态度，凡亏空钱粮者一律革职，毫不留情，并由本人负责归还，直到还清为止。后来，他又立即着手推行耗羡归公制度。康熙六十一年（1722年）十二月，胤禛对本年九月父亲玄烨在年羹尧、噶什图奏请火耗归公“断不可行”的批谕上作出修正，他认为：“皇考洞察其故，每将税务交地方管理，各省已居其半。嗣后税务悉交地方官监收，岁税之外所有羡余，该抚奏闻其解，应赏给者再行赏给，尔等会同户部工部议奏。”自此没过多久，耗羡归公制就在全国各省全面推行开来。