第二，在心本论上，佛学对儒学影响重大。宋代儒学作为一种时代思潮，既是义理之学，又叫“心性”之学。这说明“心性”问题是儒学研究和探讨的时代主题。中国传统文化，尤其是哲学，自孔子以来，一直把人的问题放在中心地位。而人的问题最集中的则是体现在心性问题上。从孔孟开始，经《大学》、《中庸》以及历代儒家代表人物，形成了儒家心性学的传统。而隋唐以来占统治地位的佛教文化，从本质上说就是心性之学。但佛学作为宗教文化，通过否定人的现实存在，实现所谓“清净”之心，“圆明”之性，达到绝对的超越，其思辨性显然有别于传统儒学的心性论。心性论与本体论一样，是儒家学说中相对较弱的环节，而佛学则在此方面阐发甚多，理性思辨颇强。因此，宋代新儒家们在建构他们的心性论和本体论的系统时，就必然会从佛学的心性论中汲取营养。
禅宗的“知为心体”、“知觉是性”的思想给宋代儒学以深刻的影响。程颐同意“人性本明”的说法：“问‘人性本明，因何有蔽？’曰‘此须索理会也。’”[81]这里不用“人性本善”，而说“人性本明”，显然是受了禅的影响。事实上，在“北宗”和“南宗”的禅学中都谈到心的修炼。如“北宗”主张磨除妄念而“吸佛性”。弘忍在他的《修心要论》中也说：“既体知众生佛性本来清净，如云底日，但了然守真心，妄念云尽，慧日即理……譬如磨镜，尘尽自然见性。”这种修炼方法为二程汲取。怎样才能使“心”体现“天理”？二程提出了“主敬”术。具体来说，就是“坐禅入定”，说：“学者先务，固在心态。有谓欲屏去闻见知思，则是‘绝圣弃智’。有谓欲屏去思虑，患其纷乱，则是须坐禅入定。如明鉴在此，万物毕照，是鉴之常，难为使之不照。人心不能不交感万物，亦难为使之不思虑。若欲免此，唯是心有主。如何为主？敬而已矣。……所谓敬者，主一之谓敬。所谓一者，无适之谓一。……但存此涵养，久之自然天理明。”[82]在这里，二程所讲的“主敬”，实则就是“坐禅入定”的同义词，为使人心不去思念万物，而与“天理”合一。这正是禅宗佛性所谓的“在本空寂体上生般若智”的认识论的儒家翻版。